Διαμορφώνοντας τον κανόνα της ευρωπαϊκή ιστορίας των νεότερων χρόνων η ιστοριογραφία του 19ου αιώνα κληροδότησε στους επιγόνους της μια σειρά από διαιρετικές τομές: Αναγέννηση, Μεταρρύθμιση, Διαφωτισμός, Γαλλική Επανάσταση, Βιομηχανική Επανάσταση. Το αν η μεταξύ τους διαδοχή αφορά μια ευθύγραμμη πορεία με δεδομένη αφετηρία και προορισμό ή όχι, το αν υπάρχουν επιπλέον σημαντικοί σταθμοί που πρέπει να τοποθετηθούν μεταξύ των φαινομένων αυτών και ποιοι είναι αυτοί, το αν ορίζουν τον δρόμο για τη νεωτερικότητα ή αφήνουν ανοικτά διάφορα μονοπάτια προς τα εκεί αποτελούν το διαφιλονικούμενο πεδίο ενός μακρού, γόνιμου διαλόγου.
Ωστόσο, είναι γεγονός ότι η γεωγραφική αποτύπωση της ακολουθίας αντανακλάται σε διαφορετικές εμπειρίες της εκκοσμίκευσης όσο προχωρούμε προς τον ευρωπαϊκό Νότο. Τα όρια των συγκρούσεων καθολικισμού και προτεσταντισμού, Αψβουργικής μοναρχίας και Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, Ορθοδοξίας και Ισλάμ, φασισμού, κομμουνισμού και δημοκρατίας παράγουν έναν χάρτη όπου Κράτος και Εκκλησία συμπορεύθηκαν υπό πολύ λιγότερο ομαλές συνθήκες σε σχέση με τη Δυτική και τη Βόρεια Ευρώπη.
Η περίπτωση της Ελληνικής Επανάστασης είναι ενδεικτική: η προεπαναστατική Ελλάδα υπαγόταν στο Οικουμενικό Πατριαρχείο, το ανεξάρτητο κράτος υπό βαυαρική αντιβασιλεία φροντίζει να διακηρύξει το Αυτοκέφαλο της Εκκλησίας. Η αποκοπή από τη δικαιοδοσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου αντανακλά τις υπό αναδιαμόρφωση πολιτικές πραγματικότητες της εποχής (η αρχή του έθνους-κράτους, σε αντίθεση με εκείνη της αυτοκρατορίας, υπαγορεύει την ταύτιση πολιτικής και εκκλησιαστικής επικράτειας) και τη μετάβαση από μια προνεωτερική σε μια νεωτερική οργάνωση της κοινωνίας.
Το «Προσωρινόν Πολίτευμα της Ελλάδος» θα διατυπωθεί οπωσδήποτε «εν ονόματι της αγίας και αδιαιρέτου Τριάδος», τα κατοπινά Συντάγματα θα αναγνωρίσουν ως «επικρατούσα θρησκεία» την Ορθοδοξία. Οι «σχέσεις Εκκλησίας και Πολιτείας» θα ρυθμιστούν συνταγματικά σε συγκεκριμένα άρθρα με ένα καθεστώς που προβλέπει διακριτές σφαίρες χωρίς να διαχωρίζει το Κράτος από την Εκκλησία.
Στη διάρκεια των δύο σχεδόν αιώνων της διευθέτησης τις περιόδους συνεννόησης διαδέχονται στιγμές αντιπαραθέσεων. Το θέμα της μοναστηριακής περιουσίας, η διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών στα σχολεία, νομοθετικές πρωτοβουλίες όπως αυτή του πολιτικού γάμου, της αποποινικοποίησης της μοιχείας, του γάμου των ομόφυλων ζευγαριών έχουν αποτελέσει αφορμές έντασης ανακινώντας κατά καιρούς στη δημόσια σφαίρα τη συζήτηση γύρω από έναν πιθανό διαχωρισμό, τα οφέλη, ζημίες και συνέπειές του.
Σε κάθε τέτοια συζήτηση, ωστόσο, αν κάτι προκύπτει με σαφήνεια, αυτό είναι ότι δεν πρόκειται περί απλού νομοθετικού διακανονισμού αλλά για ζήτημα πολιτισμικό που άπτεται ταυτοτήτων, ιδεολογιών και (αυτο)εικόνας της ελληνικής κοινωνίας.
