Η έρευνα για τη δολοφονία του Γιάννη Σκαφτούρου έχει ήδη προκαλέσει τριβές σε κρίσιμες υπηρεσίες της Ασφάλειας Αττικής. Ο προβληματισμός για τις έρευνες ανθρωποκτονιών από το εν λόγω τμήμα στην Αττική είχε ξεκινήσει από την αδυναμία εξιχνίασης των περισσοτέρων από τις 25 δολοφονίες που αποδίδονται στην επονομαζόμενη «ελληνική μαφία». Στελέχη των αρχών ασφαλείας επισημαίνουν ότι και διεθνώς το ποσοστό εξιχνιάσεων των «συμβολαίων θανάτων» δεν υπερβαίνει το 5%-10%. Ομως αυτές οι επιφυλάξεις συνεχίσθηκαν με την υπόθεση των Γλυκών Νερών με τη δολοφονία της Καρολάιν πριν από έναν περίπου χρόνο, όταν και υπήρχε για πολλές εβδομάδες εσφαλμένη εικόνα για εμπλοκή «άγνωστων» ληστών στο συγκεκριμένο έγκλημα. Κάτι που οδήγησε σε άσκοπες κι άστοχες επικηρύξεις των δραστών αλλά και σε αναφορές κυβερνητικών στελεχών για αλλαγές στη νομοθεσία για να τιμωρούνται βαρύτερα οι «αδίστακτοι εισβολείς στα σπίτια». Για να αποδειχθεί στη συνέχεια ότι επρόκειτο για λανθασμένη πορεία των ερευνών και δολοφόνος ήταν ο σύζυγός της Μπάμπης Αναγνωστόπουλος. Η δυσφορία των στελεχών της Κατεχάκη φαίνεται να έγινε έντονη μετά από αναφορές της ΕΛ.ΑΣ. για στελέχη που ασχολήθηκαν, όχι με επιτυχία, με τη δολοφονία στα Γλυκά Νερά ότι επιδίωξαν να ενεργοποιήσουν τις διαδικασίες για να λάβουν το ανώτατο βραβείο της ΕΛ.ΑΣ. που δίνεται σε επιτυχίες μεγάλου βεληνεκούς και σε σπάνιες περιπτώσεις. Επίσης φέρεται να αποδίδονται καθυστερημένες ενέργειες στην απαγωγή, τον περασμένο Δεκέμβριο, του επιχειρηματία στο Πικέρμι, παρότι φαίνεται από δεδομένα αναλύσεων άλλων υπηρεσιών της ΕΛ.ΑΣ. να είχαν παρασχεθεί πλήρη στοιχεία για την ταυτότητα και τις κινήσεις των δραστών. Ακόμη αποδίδεται σε ορισμένους αξιωματικούς της Ασφάλειας Αττικής «διάθεση αυτοπροβολής μέσω βιβλίων, δημοσίων δηλώσεων κ.λπ. κι ενώ σημαντικές υπηρεσίες υστερούν».