Στην Ελλάδα μεγάλο μέρος της λεκάνης απορροής του Αώου βρίσκεται εντός του Εθνικού Πάρκου Βόρειας Πίνδου και επικαλύπτεται με 13 περιοχές «Natura 2000». Ομως υπάρχει ένα τμήμα του ποταμού – από τα όρια του Εθνικού Πάρκου έως τα σύνορα με την Αλβανία – και των παραποτάμων του που είναι εκτός προστασίας, στην περιοχή Γράμμου – Κόνιτσας – Πωγωνίου. Πρόκειται για 20 χλμ. από τα 70 χλμ. του Αώου που βρίσκονται επί ελληνικού εδάφους και ως προς τους παραποτάμους του, 6 χλμ. από τα 15 χλμ. του Βοϊδομάτη και τα 40 χλμ. του Σαρανταπόρου. Οσο δεν προστατεύονται, παραμένουν έκθετα σε σειρά κινδύνων, όπως σε μικρά υδροηλεκτρικά φράγματα, αμμοληψίες, σχέδια εγκιβωτισμού κ.λπ. «Εχουμε ολοκληρώσει μελέτες που τεκμηριώνουν την ανάγκη προστασίας για το σύνολο του Αώου και καταλήγουν στην ανάγκη επέκτασης του Εθνικού Πάρκου Βόρειας Πίνδου σε ολόκληρη τη λεκάνη απορροής του ποταμού. Μία τέτοια προοπτική ανταποκρίνεται στο τοπικό αίτημα για προστασία της περιοχής, ως προϋπόθεση βιώσιμης ανάπτυξης» αναφέρει η κυρία Τόνια Γαλάνη, από την Πίνδο Περιβαλλοντική.