Οι ερευνητές του HuBMAP δεν θα μπορούσαν να δημιουργήσουν τους αναλυτικούς κυτταρικούς «άτλαντές» τους χωρίς τη χείρα βοηθείας των πιο προηγμένων τεχνολογιών που κατέστησαν δυνατή την απεικόνιση (άλλοτε δισδιάστατη και άλλοτε ακόμη και 3D) μεμονωμένων κυττάρων και των αλληλεπιδράσεων μεταξύ τους.
Οπως περιέγραψε ο δρ Σνάιντερ, ο οποίος με την ομάδα του δημιούργησαν τον κυτταρικό άτλαντα του εντέρου, στο πλαίσιο της μελέτης τους χρησιμοποίησαν δύο προηγμένες τεχνολογίες: «Η πρώτη είναι η CODEX (Co-detection by indexing), μια πλατφόρμα με μικροσκοπία φθορισμού, η οποία μας επιτρέπει να εντοπίζουμε τη θέση πολλών και διαφορετικών πρωτεϊνών σε συγκεκριμένους κυτταρικούς τύπους. Χρησιμοποιήσαμε φθορίζοντα αντισώματα τα οποία προσδένονταν στα τμήματα των ιστών του εντέρου που είχαμε στη διάθεσή μας και λάβαμε μοναδικές εικόνες από το μικροσκόπιο. Η δεύτερη είναι η αλληλούχηση RNA μεμονωμένων κυττάρων (single cell RNA sequencing), η οποία μας επέτρεψε να εντοπίσουμε όλους τους κυτταρικούς τύπους που υπάρχουν σε διαφορετικές περιοχές του εντέρου. Με χρήση της single cell RNA sequencing καταφέραμε μάλιστα να ανακαλύψουμε έναν νέο τύπο εκκριτικού κυττάρου που ονομάζεται Μuc6 και το οποίο παράγει κύτταρα στο λεπτό έντερο κοντά στο στομάχι».
Από την πλευρά του ο δρ Αντζελο σημείωσε ότι και η δική του έρευνα δεν θα μπορούσε να πάρει «σάρκα και οστά» χωρίς τη χείρα βοηθείας των προηγμένων τεχνολογιών. «Εδώ και κάποια χρόνια έχουμε αναπτύξει στο εργαστήριό μας μια δική μας μέθοδο απεικόνισης που ονομάζεται Multiplexed Ion Beam Imaging by time of flight (MIBI-TOF). Η MIBI-TOF βασίζεται σε φασματομετρία μάζας σε συνδυασμό με ειδικά αντισώματα και προσφέρει ταχεία, ταυτόχρονη απεικόνιση δεκάδων πρωτεϊνών σε πολύ καλή ανάλυση. Μάλιστα με αυτή την καινοτόμο τεχνική έχουμε στο παρελθόν ανακαλύψει το πώς οργανώνονται στον χώρο ανοσοκύτταρα, στρωματικά κύτταρα και καρκινικά κύτταρα μέσα στο μικροπεριβάλλον των όγκων στον τριπλά αρνητικό καρκίνο του μαστού – τα ευρήματά μας ήταν πολύτιμα σε ό,τι αφορούσε την ανακάλυψη στόχων για ανοσοθεραπεία καθώς και την πρόβλεψη της δεκαετούς επιβίωσης ασθενών. Αυτή την τεχνική εφαρμόσαμε και για τη δημιουργία του κυτταρικού άτλαντα της μήτρας και του πλακούντα».
Συγκεκριμένα, οι ερευνητές απεικόνισαν «φέτες» πλακουντιακού ιστού που έφεραν μεταλλικά ιόντα χημικά συνδεδεμένα με αντισώματα ικανά να προσδένονται σε συγκεκριμένα μόρια στην επιφάνεια των κυττάρων. Επικεντρώθηκαν σε δείγματα όπου τα πλακουντιακά κύτταρα είχαν προσδεθεί στο τοίχωμα της μήτρας. Η απεικόνιση πολλαπλών δειγμάτων που βρίσκονταν σε διαφορετικά στάδια της κύησης (από την 6η ως την 20ή εβδομάδα) αποκάλυψε την αλληλεπίδραση μεταξύ των πλακουντιακών κυττάρων και των ανοσοκυττάρων καθώς και των αρτηριών της εγκύου.
Η ομάδα του καθηγητή Τζέιν στο Πανεπιστήμιο Ουάσιγκτον βασίστηκε σε μεθόδους μεταγραφομικής μεμονωμένων κυττάρων (single-cell transcriptomics), οι οποίες αποκαλύπτουν πώς οι γενετικές οδηγίες που είναι κωδικοποιημένες στο DNA «διαβάζονται» από το κάθε κύτταρο. Με τον τρόπο αυτόν επέτυχε να «χαρτογραφήσει» με μεγάλη ακρίβεια τα ανθρώπινα νεφρικά κύτταρα.
