Το ελληνικό τμήμα της οροσειράς της Ροδόπης βρίσκεται στο βόρειο τμήμα των νομών Δράμας, Ξάνθης και Ροδόπης. Αν και στην Ελλάδα ανήκει μόλις το ένα πέμπτο όλης της οροσειράς, αποτελεί μία από τις πλέον ενδιαφέρουσες περιοχές στην Ευρώπη εξαιτίας της βιοποικιλότητάς της. Μεταξύ άλλων, το γεγονός ότι δεν επηρεάστηκε από τους παγετώνες όταν αυτοί κρατούσαν την υπόλοιπη Ευρώπη σε κατάψυξη την κάνει να διαθέτει και σήμερα κάποια οικοσυστήματα ανέπαφα από τις τότε δυσμενείς συνθήκες. Αρχίζοντας από τους πρόποδες και φθάνοντας στην κορυφή είναι σαν να έχεις στην ίδια βιτρίνα ενός μουσείου τοποθετημένες με τάξη διαδοχικές και διαφορετικές ζώνες βλάστησης. Αρχίζοντας από την αμιγώς μεσογειακή, ακολουθούν οι ζώνες της δρυός και της οξιάς, η καθαρά ηπειρωτική ζώνη, αυτή των βόρειων ψυχρόβιων κωνοφόρων της προαλπικής ζώνης της Βόρειας Ευρώπης, αλλά και των υπαλπικών λιβαδιών. Ο ορεινός όγκος της Ροδόπης διατρέχεται από τον ποταμό Νέστο και τους παραποτάμους του. Μέσα στο όρια του Εθνικού Πάρκου βρίσκεται το Παρθένο Δάσος τουΦρακτού, από τα λίγα παρθένα δάση της Ευρώπης. Και όπου εμφανίζεται ο όρος «παρθένο δάσος» θα πρέπει να γίνεται κατανοητό ότι εκεί απαγορεύεται οποιαδήποτε ανθρώπινη επέμβαση, ακόμη και η καλοπροαίρετη δασική συντήρηση. Ενα παρθένο δάσος όμως μπορεί να είναι ένα πολύ ενεργό εργαστήριο. Χρησιμεύοντας στους ειδικούς επιστήμονες (δασολόγους, βιολόγους, περιβαλλοντολόγους) ως μάρτυρας των ανεπηρέαστων από τον άνθρωπο φυσικών οικοσυστημάτων και διεργασιών.
Αλλα σημαντικά προστατευτέα οικοσυστήματαστην περιοχή της Οροσειράς Ροδόπης είναι το παραποτάμιο δάσος γκρίζου σκλήθρου (Alnusincana) στη θέση Βαθύρεμα και αλλού, το Δάσος της Ελατιάς, οι τυρφώνες και τα υγρά λιβάδια Ελατιάς, Λεπίδα και Λειβαδίτη, το Διατηρητέο Μνημείο της Φύσης με τις αιωνόβιες οξιές στη θέση Τσίχλα του Δάσους τηςΧαϊντούς, καθώςκαι οι καταρράκτες στον Λειβαδίτη, στην Αγ. Βαρβάρα στο Αχλαδόρεμα και αλλού.
