Μετά τη ΔΕΘ και ως το τέλος Σεπτεμβρίου αναμένεται να λάβει ο Κυριάκος Μητσοτάκης τις τελικές αποφάσεις του για τους υποψήφιους περιφερειάρχες που θα στηρίξει η ΝΔ. Η μάχη για τις Περιφέρειες, όπως είπε ο πρόεδρος της Νέας Δημοκρατίας στην Πολιτική Επιτροπή του κόμματος στα μέσα Ιουλίου, έχει πιο πολιτικά χαρακτηριστικά από αυτήν για τους δήμους και έχει απασχολήσει πολύ περισσότερο τον ίδιο και το επιτελείο του. Ο Νικήτας Κακλαμάνης, ως επικεφαλής της Επιτροπής Εκλογικού Αγώνα για τις αυτοδιοικητικές εκλογές, έκανε επιμελή προετοιμασία χαρτογραφώντας τα πρόσωπα και τα πιθανά σχήματα συνεργασίας σε όλη τη χώρα, οι αποφάσεις όμως θα ληφθούν από τον πρόεδρο της ΝΔ όταν ολοκληρώσει την εικόνα για το εκλογικό προφίλ που θα θελήσει να αναδείξει για το κόμμα του.
Η εντολή που έχει δώσει ο πρόεδρος της ΝΔ στους συνεργάτες του είναι μία: Να επιλεγούν πρόσωπα τα οποία θα κερδίσουν τις εκλογές ώστε καμία Περιφέρεια να μην περάσει στον ΣΥΡΙΖΑ. Στο πλαίσιο αυτό δεν αποκλείονται συνεργασίες με υποψηφίους που ανήκουν σε άλλους πολιτικούς χώρους, ακόμη και «τολμηρές επιλογές», όπως μεταδίδουν στελέχη της Πειραιώς. Η «γαλάζια» στήριξη αποτελεί ισχυρό δέλεαρ, διότι ανεξαρτήτως των προσώπων η κομματική βάση της ΝΔ και ιδίως οι τοπικές οργανώσεις της έχουν αναδιοργανωθεί μέσω της πρόσφατης εκλογικής διαδικασίας, η οποία απέφερε και 1,2 εκατ. ευρώ στα ταμεία από τις επανεγγραφές μελών.
Η κάθοδος του Κώστα Μπακογιάννη στον Δήμο Αθηναίων θα πρέπει να θεωρείται οριστική, επέφερε ωστόσο ανακατατάξεις στους σχεδιασμούς για την Περιφέρεια Αττικής. Ο Γιώργος Πατούλης, το όνομα του οποίου ακούστηκε για υποψήφιος περιφερειάρχης, επιμένει στην υποψηφιότητά του για τον Δήμο Αθηναίων. Ο Ανδρέας Παχατουρίδης είναι επίσης ένας από τους πιθανούς υποψηφίους που εξετάστηκαν από την Πειραιώς αλλά αποφάσεις δεν έχουν ληφθεί ακόμη.
Μια Περιφέρεια η οποία επίσης δυσκολεύει το επιτελείο του κ. Μητσοτάκη είναι αυτή της Πελοποννήσου. Η ΝΔ δεν θα στηρίξει εκ νέου τον Πέτρο Τατούλη, ο οποίος είχε κατέλθει το 2014 ως ανεξάρτητος. Στο τραπέζι βρίσκονται διάφορα ονόματα, όπως του Ανδρέα Λυκουρέτζου, της Φεβρωνίας Πατριανάκου, του πρώην νομάρχη Κορινθίας Νίκου Ταγαρά, του δημάρχου Καλαμάτας Παναγιώτη Νίκα, για τον οποίο όμως διατηρούνται επιφυλάξεις από το περιβάλλον του πρώην προέδρου της ΝΔ Αντώνη Σαμαρά.
Προβληματισμός υπάρχει και για άλλες Περιφέρειες. Στη Στερεά Ελλάδα, έπειτα από το κενό που αφήνει ο κ. Μπακογιάννης, ακούγονται διάφορα ονόματα αλλά αποφάσεις δεν έχουν ληφθεί, ενώ ο Σίμος Κεδίκογλου δεν φαίνεται διατεθειμένος να αποχωρήσει από τη Βουλή. Στην Ανατολική Μακεδονία-Θράκη, ο «μητσοτακικός» Χρήστος Μέτιος, ο οποίος ανέλαβε μετά τον θάνατο του Γιώργου Παυλίδη, φαίνεται ότι δεν μπορεί να διεκδικήσει με επιτυχία την Περιφέρεια, ενώ ενδιαφέρον έχουν εκδηλώσει οι Δημήτρης Πέτροβιτς και Θεόδωρος Μαρκόπουλος. Στο Βόρειο Αιγαίο, η υποψηφιότητα της νυν περιφερειάρχη Χριστιάνας Καλογήρου βρίσκεται σε εκκρεμότητα καθώς αναζητούνται και άλλες λύσεις. Συζητείται ακόμα και το ενδεχόμενο να στηριχθεί από κοινού με το Κίνημα Αλλαγής ο Σταμάτης Μαλέλης.
Στην Κρήτη υπάρχει μια θολή κατάσταση, καθώς η Πειραιώς εξέταζε το ενδεχόμενο να στηρίξει τον σημερινό περιφερειάρχη Σταύρο Αρναουτάκη, ο οποίος προέρχεται από το ΠαΣοΚ και, όπως διεφάνη από την τοποθέτηση του Αλέξη Τσίπρα στη ΔΕΘ, διατηρεί διαύλους επικοινωνίας με τον ΣΥΡΙΖΑ. Ανάλογη είναι η κατάσταση στη Δυτική Ελλάδα, όπου το 2014 ο Ανδρέας Κατσανιώτης έχασε για λίγες ψήφους την περιφέρεια. Το ενδεχόμενο στήριξης και από τη ΝΔ της υποψηφιότητας του Απόστολου Κατσιφάρα ακυρώνεται εξαιτίας της αντίδρασης του ΚΙΝΑΛ, το οποίο καταλογίζει στο στέλεχός του συνεχιζόμενο φλερτ με τον ΣΥΡΙΖΑ. Το ενδιαφέρον της Πειραιώς στρέφεται πλέον προς στελέχη με κοινοβουλευτική θητεία.
Σε άλλες Περιφέρειες, η εικόνα είναι πιο καθαρή. Στην Κεντρική Μακεδονία θα κατέλθει ο Απόστολος Τζιτζικώστας, στη Θεσσαλία ο Κώστας Αγοραστός, στην Ηπειρο ο Αλέκος Καχριμάνης – μάλιστα πριν από λίγες ημέρες διαγράφηκαν από τη ΝΔ 10 στελέχη της στην Ηπειρο επειδή αποφάσισαν να στηρίξουν την υποψηφιότητα του επικοινωνιολόγου Σπύρου Ριζόπουλου. Στο Νότιο Αιγαίο θα είναι ξανά υποψήφιος ο Γιώργος Χατζημάρκος. Στη Δυτική Μακεδονία αναζητείται υποψήφιος απέναντι από τον Θεόδωρο Καρυπίδη, ο οποίος εξελέγη το 2014 με τη στήριξη των ΑΝΕΛ, κατά προτίμηση από την Κοζάνη, οπότε συζητήθηκε το όνομα του Γιώργου Κασαπίδη, αν και δεν είναι βέβαιο ότι ο νυν βουλευτής της ΝΔ θέλει να εγκαταλείψει την κεντρική πολιτική σκηνή. Για την Περιφέρεια Ιονίων Νήσων έχουν συζητηθεί διάφορα ονόματα, μεταξύ των οποίων του πρώην δημάρχου Γιάννη Τρεπεκλή.