Τα ευρήματα που έφερε στο φως η αρχαιολογική σκαπάνη αποκάλυψαν τις ανεπτυγμένες μαθηματικές και άλλες γνώσεις της εποχής που συνθέτουν έως και σήμερα την πολιτιστική κληρονομιά του νησιού. Μάλιστα, ιστορικές πηγές αναφέρουν την κατασκευή των πρώτων χάλκινων αγαλμάτων στη Σάμο, ενώ τα αγγεία της ήταν ξακουστά από το 550 π.Χ.
Κάποτε ο Ηρόδοτος είπε: «Μίλησα περισσότερο για τους Σάμιους, επειδή αυτοί είχαν κατασκευάσει τα τρία πιο σημαντικά τεχνικά έργα που υπάρχουν σε ολόκληρη την Ελλάδα».
Ας μιλήσουμε λοιπόν σήμερα για τον αρχαιολογικό χώρο του Ηραίου, το Ευπαλίνειο Ορυγμα, το αρχαίο θέατρο Πυθαγορείου, τα αρχαία ορυχεία Αγιάδων, αλλά και τον πύργο του Λυκούργου Λογοθέτη.
Τα παλαιότερα αρχαιολογικά ευρήματα στον χώρο του Ηραίου χρονολογούνται στην 4η χιλιετία π.Χ. (Νεολιθικοί Χρόνοι), ενώ η λατρεία της θεάς Ηρας στη Σάμο μαρτυρείται από την Εποχή του Χαλκού και πιο συγκεκριμένα στην περίοδο του μυκηναϊκού πολιτισμού.
Με τις ανασκαφές που πραγματοποιήθηκαν γίνεται αντιληπτό ότι δεν πρόκειται για πανελλήνιο ιερό, αλλά για ιερό παγκόσμιας φήμης. Τα ευρήματα επιβεβαιώνουν την εισροή επισκεπτών απ’ όλα τα μέρη του τότε γνωστού κόσμου, ενώ παράλληλα ένα πολυάριθμο σύνολο αφιερωμάτων από μάρμαρο, πηλό, γυαλί, χαλκό, ξύλο, ελεφαντόδοντο και χρυσό αποδεικνύει τη διεθνή ακτινοβολία του σαμιακού Ηραίου.
Δύο αιώνες μετά την κατεδάφιση αρχικών οικοδομημάτων στον χώρο του Ηραίου για πώληση στη Μικρά Ασία, τον 6ο αι. π.Χ., χτίστηκε το Ευπαλίνειο ή Αμφίστομο Ορυγμα, το οποίο εξυπηρετούσε τις ανάγκες της αρχαίας πόλης για περίπου 1.100 χρόνια. Το πιο ενδιαφέρον σημείο στη διάνοιξη της σήραγγας είναι το γεγονός ότι η λάξευση έγινε ταυτόχρονα και από τις 2 πλαγιές του λόφου, και τα 2 συνεργεία συναντήθηκαν στο μέσο περίπου με μικρή απόκλιση από την ευθεία. Υπολογίζεται ότι χρειάστηκαν 8-10 χρόνια για να ολοκληρωθεί το έργο. Επιπλέον, στα τοιχώματα του ορύγματος μπορείς να διακρίνεις κάποιες λέξεις ή γράμματα, ακόμη και σημάδια κόκκινου χρώματος που «προδίδουν» μετρήσεις του Ευπαλίνου, αρχιτέκτονα του Ορύγματος, αλλά και ονόματα εργατών.
Το αρχαίο θέατρο
Τον 4ο αι. π.Χ. χτίστηκε το αρχαίο θέατρο Πυθαγορείου κατά την περίοδο τυραννίας του Πολυκράτη και υπέστη διάφορες τροποποιήσεις κατά τους ρωμαϊκούς χρόνους. Πλέον φαίνεται να αποτελείται μόνο από κοίλο, ορχήστρα και σκηνή. Εξαιρετικοί μήνες για να το επισκεφθείς ίσως να είναι οι θερινοί στα πλαίσια πολιτιστικών φεστιβάλ, όπως παραδοσιακών χορευτικών εκδηλώσεων, θεατρικών παραστάσεων και ημερήσιων δράσεων από τα κέντρα επισκεπτών Εθνικού Αστεροσκοπείου.
Οχι πολύ μακριά, τον 3ο αι. π.Χ., καταγράφεται σε πηγές η πρώτη πιθανή λειτουργία των Ορυχείων στην περιοχή Αγιάδων, χωρίς να δίνεται ιδιαίτερη βάση. Βέβαια διαδραμάτισαν σημαντικό ρόλο κατά την Επανάσταση του 1821, όπου υπήρξε παραγωγή πυρίτιδας από νιτρικά άλατα που εξήχθησαν από τα συγκεκριμένα ορυχεία. Σύμφωνα με τους αρχαιολόγους απ’ αυτά τα ορυχεία εξορύσσονταν και υλικά για την ανέγερση του ναού της Ηρας. Σήμερα είναι επισκέψιμο μόνο ένα από τα ορυχεία εξαιτίας του καταστροφικού σεισμού που σημειώθηκε στο νησί τα προηγούμενα χρόνια.
Τέλος, ο πύργος του Λυκούργου Λογοθέτη, αν και ανακαινίστηκε από τον ίδιο τον 19ο αι. μ.Χ., βρίσκει τα θεμέλιά του στο βυζαντινό κάστρο που είχε χτιστεί στα τέλη του 7ου αι. π.Χ. Ο πύργος αποτελούσε κατά τη διάρκεια της Επανάστασης του 1821 το διοικητικό κέντρο των «Καρμανιόλων», των μελών δηλαδή ενός λαϊκού επαναστατικού κινήματος, που ήρθαν σε αντιπαράθεση με τους προεστούς της Σάμου, οι οποίοι είχαν συμμαχήσει με την τουρκική εξουσία. Το μουσείο που στεγάζεται στον πύργο εγκαινιάστηκε το καλοκαίρι του 2010 και διαθέτει επαρκές οπτικοακουστικό υλικό, καθώς και αρκετά εκθέματα.