Η Ιεράπετρα φιλοξενεί στην οδό Δημοκρατίας το κτίριο της Αρχαιολογικής Συλλογής της Ιεράπετρας το οποίο το 1899 χτίστηκε ως Οθωμανική Σχολή (Μαχτέπι). Η αρχιτεκτονική του βασίζεται σε στοιχεία της βενετσιάνικης και της οθωμανικής αρχιτεκτονικής. Σήμερα, αυτό το κτίριο είναι ένα από τα σημαντικότερα της Ιεράπετρας και έχει συνδεθεί πλήρως με την ιστορία της πόλης.
Η Αρχαιολογική Συλλογή της πόλης μας φιλοξενεί εκθέματα που βρέθηκαν στην αρχαία Ιεράπυτνα, αλλά και στην ευρύτερη περιοχή, και χρονολογούνται από την Εποχή του Χαλκού μέχρι τη Ρωμαϊκή εποχή. Κατά τη διάρκεια της οθωμανικής κατοχής πολλά από τα εκθέματα καταστράφηκαν ή κλάπηκαν. Αυτός είναι και ο λόγος που υπάρχουν λίγα εκθέματα στον χώρο της συλλογής. Πιο συγκεκριμένα, στη συλλογή περιλαμβάνονται έργα από: α) τη Μινωική τέχνη (γραπτές μινωικές σαρκοφάγοι, λυχνάρια, ψευδόστομοι αμφορείς και κρατήρες), β) τη Γεωμετρική τέχνη (ειδώλια, αγγεία), γ) την Αρχαϊκή τέχνη (κυρίως ειδώλια και ανάγλυφα πλακίδια), δ) την Κλασική και Ελληνιστική τέχνη (αγγεία και ειδώλια), ε) την Ελληνορωμαϊκή τέχνη (αγγεία, ειδώλια, αγάλματα ρωμαϊκών χρόνων, επιτύμβιες επιγραφές).
Τους τελευταίους μήνες έχει τεθεί σε λειτουργία στην Ιεράπετρα το Ψηφιακό Μουσείο, το οποίο στεγάζεται στο κτίριο του πρώην Δημαρχείου. Χωρίζεται σε δύο τμήματα: Το πρώτο τμήμα έχει μια μεγάλου μεγέθους διαδραστική οθόνη, με την οποία ο επισκέπτης μπορεί να περιηγηθεί στην επίσημη ιστοσελίδα της πόλης, αλλά και τρισδιάστατα εκθέματα από τα οποία μπορεί να σχηματίσει μια πρώτη εικόνα για το ιστορικό παρελθόν και το φυσικό περιβάλλον της Ιεράπετρας. Το δεύτερο τμήμα του μουσείου είναι μια αίθουσα που περιλαμβάνει μια τεράστια οθόνη με προτζέκτορα, με τη βοήθεια του οποίου προβάλλεται μια ταινία (την οποία ο επισκέπτης παρακολουθεί φορώντας ειδικά γυαλιά τρισδιάστατης προβολής).
Σε αυτήν παρουσιάζονται η πόλη της Ιεράπετρας και η ευρύτερη περιοχή, όσον αφορά την ιστορία και τον πολιτισμό τους, ξεκινώντας από τα αρχαία χρόνια με τους πρωτομινωικούς οικισμούς και τις ρωμαϊκές επαύλεις και φτάνοντας μέχρι σήμερα, περνώντας από ενδιάμεσους σταθμούς, με αναφορά στα μνημεία της ενετικής, της βυζαντινής και της οθωμανικής εποχής. Επίσης, δίνεται έμφαση στο φυσικό περιβάλλον της περιοχής, με αναφορά στα φαράγγια, στο δάσος του Σελάκανου (πολύτιμου για τη μελισσοκομία), στη νήσο Χρυσή και στην αρχαία ελιά του Αζοριά στο Καβούσι.
Πολύ εντυπωσιακή είναι η εφαρμογή της τεχνολογίας, η οποία δίνει τη δυνατότητα στους επισκέπτες να ζήσουν μια «ζωντανή» εμπειρία και να μεταφερθούν σε σημεία της πόλης μας μέσω της εικονικής πραγματικότητας, παρακινώντας τους να εξερευνήσουν και να ανακαλύψουν κάθε γωνιά της Ιεράπετρας και της ευρύτερης περιοχής.