Μετά τη σύντομη θητεία της συγκυβέρνησης ΝΔ – ΣΥΝ (κυβέρνησης Τζαννετάκη) το 1989 και της κυβέρνησης Ζολώτα από το Νοέμβριο του 1989 έως τον Απρίλιο του 1990, διεξήχθησαν εθνικές εκλογές στις 8 Απριλίου 1990.
Η Νέα Δημοκρατία έλαβε στις εκλογές αυτές το 46,89% των ψήφων και 150 έδρες στη Βουλή.
Ο Μίκης Θεοδωράκης ήταν υποψήφιος στο ψηφοδέλτιο Επικρατείας της ΝΔ και εκλέχτηκε ως ανεξάρτητος βουλευτής συνεργαζόμενος με τη ΝΔ.
Στην κυβέρνηση που σχημάτισε στη συνέχεια ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, ο Θεοδωράκης ανέλαβε αρχικά υπουργός χωρίς χαρτοφυλάκιο και αργότερα (μετά τον ανασχηματισμό της 8ης Αυγούστου 1991) υπουργός Επικρατείας, αξίωμα από το οποίο παραιτήθηκε την 1η Απριλίου 1992.
Ο Μίκης Θεοδωράκης ξεκαθάρισε τότε ότι συμμετέχει στην κυβέρνηση και συνεργάζεται με τη ΝΔ για δύο λόγους: για την κάθαρση και για την τρομοκρατία.
Αναλυτικότερα για τις θέσεις του παρέχονται διευκρινίσεις στο βιβλίο του Παύλου Πετρίδη «Ο πολιτικός Θεοδωράκης 1940-1996» (εκδ. Προσκήνιο, 1997):
Συμπορεύομαι με τη μόνη πολιτική δύναμη που δεν έχει αυταπάτες ως προς την ουσία και τα αρνητικά επιτεύγματα αυτής της εξουσίας. Και είμαι έτοιμος να εφαρμόσω ως προς τη Νέα Δημοκρατία τη πολιτική της «συμπολιτευόμενης αντιπολίτευσης» ή της «αντιπολιτευόμενης συμπολίτευσης». Μακάρι όλοι οι Έλληνες δημοκράτες να συνειδητοποιήσουν τον κίνδυνο και να με ακούσουν μια φορά στην ώρα μου και όχι για νιοστή φορά να πουν ύστερα από χρόνια: «Είχε δίκιο». Γιατί κάποτε αυτή η εκ των υστέρων δικαίωση των απόψεών μου μπορεί να έλθει όταν θα είναι αργά για όλους.
Βασιζόμενος στις διαβεβαιώσεις του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη ότι θα αξιοποιούσε στην κυβέρνησή του και προσωπικότητες από το χώρο της ανένταχτης Αριστεράς, ο Θεοδωράκης αποδέχτηκε τελικά την υπουργοποίησή του.
Όμως, οι αρχικές υποσχέσεις δεν τηρήθηκαν λόγω των υπαναχωρήσεων του νέου πρωθυπουργού και της έντονης εσωκομματικής αντιπαράθεσης, με επακόλουθο την περιθωριοποίηση και του ιδίου του Θεοδωράκη στους κόλπους της κυβέρνησης.
Παρ’ όλα αυτά, όπως προκύπτει από τη γραπτή διαβίβαση των σκέψεών του προς τον Κωνσταντίνο Μητσοτάκη, ο Θεοδωράκης διατύπωνε με θάρρος τη γνώμη του για την πορεία του κυβερνητικού έργου.
Η συνεργασία του με τον Κωνσταντίνο Μητσοτάκη, στο σύντομο χρονικό διάστημα της υπουργικής θητείας του, δεν ήταν πάντα ομαλή.
