Ένας από τους σημαντικότερους αρχαιολογικούς χώρους της Κρήτης, η Ελεύθερνα, βρίσκεται στην ενδοχώρα της Περιφερειακής Ενότητας Ρεθύμνου, στις έσχατες βορειοδυτικές υπώρειες του Ψηλορείτη. Η πόλη, που διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο σε διάφορες ιστορικές περιόδους, βρίσκεται πιο συγκεκριμένα σε μικρή απόσταση από την ξακουστή μονή Αρκαδίου και σε απόσταση περίπου 25 χλμ Α από την πόλη του Ρεθύμνου.
Η ανθρώπινη παρουσία στην περιοχή ανάγεται στα τέλη της 4ης χιλιετίας π.Χ. Η φύσει οχυρή θέση κατοικήθηκε οργανωμένα από τους Πρωτομινωικούς Χρόνους. Επισκοπική έδρα από τον πρώιμο 5ο αιώνα μ.Χ., η Ελεύθερνα εγκαταλείφθηκε σταδιακά από τα τέλη του 7ου αιώνα, κυρίως εξαιτίας των αραβικών επιδρομών.
Στη διαδρομή των αιώνων η Ελεύθερνα (γνωστή και ως Aπολλωνία, γεγονός που πιστοποιεί τη λατρεία του Aπόλλωνα) γνώρισε περιόδους ακμής και εγκατάλειψης, καταστράφηκε δε από μεγάλους σεισμούς και επιδρομές.
Σύμφωνα με την παράδοση, η πόλη οφείλει την ονομασία της στον Ελευθήρα, έναν από τους Κουρήτες που προστάτευαν τον νηπιακής ηλικίας Δία κρούοντας τις χάλκινες ασπίδες τους, για να μην ακούσει το κλάμα του ο πατέρας του, Κρόνος, και τον φάει.
Η αρχαία Ελεύθερνα απλωνόταν στην ευρύτερη περιοχή, με κύριους αστικούς πυρήνες στους λόφους Πυργί και Νησί.
Στα σπουδαιότερα μνημεία και αρχιτεκτονικά σύνολα της περιοχής συγκαταλέγονται η νεκρόπολη στη θέση «Ορθή Πέτρα» (χρονολογείται από τους Ύστερους Πρωτογεωμετρικούς έως τους Αρχαϊκούς Χρόνους), το τμήμα οχυρωματικού πύργου στην κορυφή του λόφου Πυργί (χρησιμοποιήθηκε από τους Ελληνιστικούς έως τους Βυζαντινούς Χρόνους), η λίθινη γέφυρα των Ελληνιστικών Χρόνων βορείως του λόφου Πρινέ, οι υδατοδεξαμενές στο λόφο Πυργί, λαξευμένες στο βράχο, η συνοικία των Ελληνιστικών Χρόνων στο λόφο Νησί, η βασιλική του Μιχαήλ Αρχαγγέλου (5ος-7ος αιώνας) στη θέση «Κατσίβελος».
Οι ανασκαφικές έρευνες στον αρχαιολογικό χώρο της Ελεύθερνας έχουν φέρει στο φως πλήθος ευρημάτων, που χρονολογούνται από την Υπονεολιθική Περίοδο έως τους Βυζαντινούς Χρόνους και αποδεικνύουν την ισχύ της πόλης και τις εμπορικές – πολιτιστικές επαφές της (με άλλες πόλεις της Κρήτης, τις Κυκλάδες, την Αττική, την Πελοπόννησο, τα Δωδεκάνησα, τη Μικρά Ασία, την Κύπρο, την Αίγυπτο κ.α.): γλυπτά, αγγεία, ειδώλια, επιγραφές, κοσμήματα, νομίσματα, διακοσμητικά αντικείμενα, όπλα, εργαλεία, εντυπωσιακά κτερίσματα της νεκρόπολης κ.ά.
Στο υπερσύγχρονο Μουσείο Αρχαιολογικού Χώρου Ελεύθερνας προβάλλονται η ιστορία του τόπου και των ανασκαφών, η διαχρονική δημόσια, πολιτική, θρησκευτική, κοινωνική και ιδιωτική ζωή της Ελεύθερνας, ενώ δίδεται έμφαση στον Όμηρο και τη σχέση του με την Ελεύθερνα και την Κρήτη εν γένει.
