Ο Βαρέλα βρίσκεται στον ΠΑΟΚ εδώ και 2,5 χρόνια και πραγματοποίησε το επίσημο ντεμπούτο με τους Θεσσαλονικείς στις 25 Αυγούστου του 2016, στη νίκη του δικεφάλου επί της Ντιναμό Τιφλίδας με 2-0 για τα προκριματικά του Europa League, περνώντας ως αλλαγή στο 76ο λεπτό, στη θέση του Χοσέ Άνχελ Κρέσπο.
Ο 31χρονος αμυντικός, έχει αγωνιστεί σε 62 αγώνες στο ελληνικό πρωτάθλημα, 14 στο Κύπελλο Ελλάδας και 24 στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις. Το παιχνίδι Κυπέλλου κόντρα στην Παναχαϊκή ήταν το 100ο του!
Το μήνυμα της ΠΑΕ ΠΑΟΚ, ήταν το εξής: «Ένα κακό αποτέλεσμα χθες το βράδυ αλλά ένα σπουδαίο ρεκόρ για τον «The Beast, συγχαρητήρια Φερνάντο Βαρέλα»
