Την ακύρωση του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας, ως προς το σκέλος εκείνο που αφορά την αφαίρεση από την αποστολή του υπουργείου την «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης», ζητούν απο το ΣτΕ, η Ιερά Μητρόπολη Πειραιά, ο Μητροπολίτης Πειραιά Σεραφείμ Μεντζελόπουλος, η «Πανελλήνια Ενωσις Θεολόγων», η «Εστία Πατερικών Μελετών» καθως και δύο γονείς. Ανάλογη αίτηση ακύρωσης εχει ήδη καταθέσει στο ανώτατο δικαστήριο η Εκκλησία της Ελλάδος.
Οι προσφεύγοντες υποστηρίζουν ότι είναι αντίθετη τόσο στο άρθρο 16 του Συντάγματος, όσο και στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), η παράλειψη του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας, περί θρησκευτικής συνείδησης.
Τονίζουν, δε, ότι σύμφωνα με το Σύνταγμα η «κρατική αποστολή της θρησκευτικής εκπαίδευσης των νέων αφορά σε μείζονα βαθμό τα μέλη της Εκκλησίας της Ελλάδος».
Οπως επισημαίνουν στην αίτηση ακύρωσης, στο άρθρο 9 της ΕΣΔΑ, κατοχυρώνεται το δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας, ενώ στο άρθρο 2 του πρώτου πρόσθετου πρωτοκόλλου της ΕΣΔΑ, σημειώνεται: «Ουδείς δύναται να στερηθή του δικαιώματος, όπως εκπαιδευθεί. Παν κράτος εν τη ασκήσει των αναλαμβανομένων υπ΄ αυτού καθηκόντων επί του πεδίου της μορφώσεως και της εκπαιδεύσεως θα σέβεται το δικαίωμα των γονέων όπως εξασφαλίζωσιν την μόρφωσιν και εκπαίδευσιν ταύτην συμφώνως προς τας ιδίας αυτών θρησκευτικά και φιλοσοφικάς πεποιθήσεις».
Σύμφωνα άλλωστε – όπως υπογραμμιζουν οι ίδιοι- με τις επιταγές του άρθρου 16 του Συντάγματος, το κράτος και ειδικότερα το υπουργείο Παιδείας, οφείλει να δρα για την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνειδήσεως των Ελληνοπαίδων μέσω του μαθήματος των θρησκευτικών, ώστε να διδάσκεται σε ικανό αριθμό ωρών εβδομαδιαίως, «επί τη βάσει αποκλειστικών και μόνον των αρχών των δογμάτων, της διδασκαλίας και των Ιερών παραδόσεων της ορθοδοξίας».
