Στο Συμβούλιο της Επικρατείας προσέφυγε η Εκκλησία της Ελλάδος κατά του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας, καθώς κρίνει τόσο ότι αποσυνδέει τη θρησκευτική αγωγή των νέων από την αποστολή του υπουργείου (καθώς αφαιρεί την «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης»), όσο και ότι περιορίζει το δικαίωμα αυτοδιοίκησης της Εκκλησίας της Ελλάδος.

Συγκεκριμένα, η Εκκλησία της Ελλάδος ζητεί να κριθούν ως αντισυνταγματικές διατάξεις του Προεδρικού Διατάγματος 18/2018 που αφορά τον νέο οργανισμό του υπουργείου Παιδείας, ο οποίος και καθορίζει τους σκοπούς, τους στόχους, τις αρμοδιότητες και την οργάνωση γενικότερα του υπουργείου.

Σύμφωνα πάντα με την Εκκλησία, ο νέος οργανισμός μεταβάλλει στο πρώτο του κιόλας άρθρο την αποστολή του υπουργείου Παιδείας, ως προς την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης, μεταβολή που είναι αντίθετη στο άρθρο 16 του Συντάγματος, και διαφοροποιεί ουσιωδώς τον νέο οργανισμό από τον προγενέστερο, του έτους 2014 . «Η προαγωγή της παιδείας με σκοπό την ηθική, πνευματική, επαγγελματική και φυσική αγωγή των Ελλήνων, την ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης και την διάπλασή τους σε ελεύθερους και υπεύθυνους πολίτες», αναφερόταν σχετικά τότε.

Η Εκκλησία της Ελλάδος επικαλείται το ίδιο το Σύνταγμα, σύμφωνα με το οποίο «η κρατική αποστολή της θρησκευτικής εκπαίδευσης των νέων αφορά σε μείζονα βαθμό τα μέλη της Εκκλησίας της Ελλάδος».

Αντισυνταγματικές και αντίθετες προς την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), η Εκκλησία της Ελλάδος χαρακτηρίζει και τις διατάξεις εκείνες του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας που περιορίζουν το δικαίωμα αυτοδιοίκησης επί των εσωτερικών ζητημάτων της, καθώς και των νομικών προσώπων που αυτή εποπτεύει. Οι νέες ρυθμίσεις κρίνονται ότι θεσπίζουν κρατική εποπτεία και αποδίδουν αρμοδιότητες στην υπό σύσταση Γενική Γραμματεία Θρησκευμάτων του υπουργείου Παιδείας για την άσκηση εποπτείας και συνδιοίκησης στην Εκκλησία της Ελλάδος επί θρησκευτικών και εκκλησιαστικών ζητημάτων.

Κατά αυτόν τον τρόπο, όμως, παραβιάζεται το δικαίωμα της θρησκευτικής αυτονομίας, σημειώνει η Εκκλησία της Ελλάδος κάνοντας λόγο για παρέμβαση στη διοίκηση της θρησκευτική κοινότητας.

Σημειώνει, δε, ότι οι αρμοδιότητες που ανατίθενται στην υπό σύσταση Γενική Γραμματεία Θρησκευμάτων του υπουργείου Παιδείας, είναι μη νόμιμες, καθώς δεν παρέχονται από καμία ειδική ή γενική νομοθετική εξουσιοδότηση