Σε πρώτη φάση, το ΕλΙδΕΚ θα διαχειριστεί τα 240 εκατ. ευρώ που θα προέλθουν από την Ευρωπαϊκή Τράπεζα Επενδύσεων (ΕΤΕπ) ύστερα από σχετική δανειακή σύμβαση.
Το ίδρυμα θα είναι νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα και θα εποπτεύεται από τον αρμόδιο αναπληρωτή υπουργό Έρευνας. Τα πανεπιστήμια και τα ερευνητικά κέντρα που το αποτελούν θα εκλεγούν μέλη της γενικής του συνέλευσης και από αυτήν θα προκύπτει το επιστημονικό του συμβούλιο και ο διευθυντής του. Ο διευθυντής που θα επιλεγεί πρέπει να είναι επιστήμονας με διεθνές κύρος και εμπειρία, διοικητική πείρα και ερευνητική δραστηριότητα.
Τα χρήματα που θα διαχειρίζεται θα είναι ένα μείγμα κρατικής χρηματοδότησης, ευρωπαϊκών πόρων, δωρεών ιδιωτών κ.λπ.
Οι χρηματοδοτήσεις που θα δίνει δεν θα υπόκεινται σε περιφερειακά κριτήρια όπως ισχύει με τους πόρους του ΕΣΠΑ.
Το ΕλΙδΕΚ θα λειτουργεί ως συμπληρωματική χρηματοδότηση της έρευνας στη χώρα και θα καταθέτει ετήσιες εκθέσεις και απολογισμούς.
Η κατανομή των πόρων του σε ερευνητικές δραστηριότητες θα γίνεται έπειτα από εισήγηση του επιστημονικού συμβουλίου του.
