Με την επιστημονική κοινότητα να είναι διχασμένη σχετικά με τα όρια μεταξύ γενοκτονίας και εθνοκάθαρσης, ο επίσημος ορισμός που δίνουν τα Ηνωμένα Έθνη για την εθνοκάθαρση είναι «το να καταστήσει κάποιος μια περιοχή εθνικά ομογενοποιημένη, χρησιμοποιώντας μέσα όπως τη βία και τον φόβο, προκειμένου να διώξει από την περιοχή εκείνους τους πληθυσμούς που ανήκουν σε μια άλλη εθνική ή φυλετική ομάδα».
Από την άλλη, σύμφωνα με την Διακήρυξη του ΟΗΕ από την 9η Δεκεμβρίου του 1948, ως γενοκτονία καλείται «μια από τις ακόλουθες πράξεις που λαμβάνει χώρα με στόχο την ηθελημένη καταστροφή ή τον αφανισμό ενός μέρους ή μιας ολόκληρης εθνικής, φυλετικής ή θρησκευτικής ομάδας ανθρώπων: την δολοφονία μελών της ομάδας αυτής. Την πρόκληση σοβαρών σωματικών ή ψυχολογικών τραυμάτων σε μέλη της ομάδας. Την ηθελημένη επέμβαση στις συνθήκες ζωής των ομάδων αυτών, με στόχο τον φυσικό αφανισμό τους. Την επιβολή μέτρων με στόχο τον εμποδισμό των γεννήσεων εντός της ομάδας αυτής. Και τέλος την βίαιη μετατόπιση παιδιών από την ομάδα αυτή σε μια άλλη ομάδα ανθρώπων».
Πάντως, πολλοί ακαδημαϊκοί κι επιστήμονες συμφωνούν πως, παρόλο που οι δυο έννοιες δεν είναι συνώνυμες, εντούτοις αμφότερες αναφέρονται σε «επιθέσεις πάνω σε συγκεκριμένες εθνικές ή φυλετικές ομάδες».
Οι περισσότεροι πάντως αποδέχονται πως η εθνοκάθαρση εμπεριέχει περισσότερο πράξεις όπως απελάσεις ή μετακινήσεις πληθυσμών, ενώ η γενοκτονία (όπως λέει και το δεύτερο συνθετικό της λέξης) εμπεριέχει μέσα της την έννοια του ηθελημένου φόνου.
Για παράδειγμα, το Ολοκαύτωμα των Εβραίων κατά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο αποτελεί το πλέον τρανταχτό παράδειγμα γενοκτονίας, ενώ τα γεγονότα που έλαβαν χώρα κατά τον πόλεμο στην πρώην Γιουγκοσλαβία, ερμηνεύονται από αρκετούς ως εθνοκάθαρση.
Επιπλέον, τα όρια είναι δυσδιάκριτα και λεπτά, με μια ακόμη έννοια, αυτή της νομικής: ο ένας όρος, η «γενοκτονία», συνιστά συγκεκριμένο έγκλημα του διεθνούς ποινικού δικαίου, ενώ ο όρος «εθνοκάθαρση» δεν έχει λάβει ακόμη μια ρητή νομική αναγνώριση.
