Σοβαρά προβλήματα αλλοίωσης και εγκατάλειψης αντιμετωπίζουν οι 24 κηρυγμένοι παραδοσιακοί οικισμοί της Νάξου. Παρότι υπάρχει θεσμικό πλαίσιο για την προστασία τους οι οικισμοί αυτοί, όπως άλλωστε και πολλοί άλλοι στην Ελλάδα, συνεχίζουν να αλλοιώνονται.
Οπως αναφέρει η αρχαιολόγος και μέλος της οργάνωσης MOnuMENTA για την προστασία της φυσικής και της αρχιτεκτονικής κληρονομιάς της Ελλάδας και της Κύπρου κυρία Ειρήνη Γρατσία, οι αλλοιώσεις αυτές προέρχονται από την άναρχη και σε πολλές περιπτώσεις αυθαίρετη δόμηση (π.χ. υπερβάσεις όρων δόμησης, αυθαίρετες προσθήκες), τις κακές επεμβάσεις και εκτεταμένες ανακατασκευές στα παλαιά κτήρια, τις αισθητικές αλλοιώσεις με τις κεραίες, τα κλιματιστικά μηχανήματα, τις διαφημιστικές πινακίδες, τα δίκτυα κοινής ωφέλειας τα οποία τοποθετούνται οπουδήποτε και χωρίς καμία μελέτη, τις ασύμβατες χρήσεις των κτηρίων, τις χωρίς μελέτη και σχεδιασμό επεκτάσεις των παλιών οικισμών κ.ά.
Οι επιστήμονες που συμμετείχαν στην ημερίδα την οποία οργάνωσε η MOnuMENTA, σε συνεργασία με τον Δήμο Νάξου, ανέφεραν ως χαρακτηριστικά παραδείγματα την Χώρα Νάξου και το Φιλώτι. Εκεί διακρίνονται καθαρά οι επεκτάσεις οι οποίες έχουν «πνίξει» τον παλιό πυρήνα του οικισμού και έχουν επιβαρύνει το τοπίο που τους περιβάλλει.
«Η εκτός σχεδίου δόμηση έχει παίξει καθοριστικό ρόλο στην απαξίωση των ιστορικών οικισμών της Νάξου. Τα κυριότερα αίτια είναι η έλλειψη χωροταξικού σχεδιασμού, ισχυρών ελεγκτικών μηχανισμών, γνώσης και παιδείας των μηχανικών κ.ά. Η Πολεοδομία φέρει μεγάλη ευθύνη για την κατάσταση των παραδοσιακών οικισμών», λέει η κυρία Γρατσία.
Η εικόνα των παραδοσιακών οικισμών αλλοιώνεται και από τις καταστροφικές επεμβάσεις των δήμων, οι οποίοι έχουν καταστρέψει και τσιμεντοποιήσει λιθόστρωτα μονοπάτια, έχουν κατασκευάσει αυθαίρετα κτίσματα, τοποθετούν οικοδομικά υλικά και μπάζα σε κηρυγμένα λιθόστρωτα κ.ά.
Πάντως, τα χωριά της Νάξου έχουν διατηρήσει σε μεγάλο βαθμό τον πολεοδομικό ιστό και τα παλαιά κτήριά τους και, όπως επισημαίνει η αρχαιολόγος, «αποτυπώνουν έντονα την κοινωνική μνήμη και την ιστορική συνέχεια».
