Στην πλήρη αποκατάσταση του ηγουμένου της Μονής Βατοπαιδίου κ. Εφραίμ προχώρησε η Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου.
Από τον ηγούμενο της Μονής Βατοπαιδίου είχαν αφαιρεθεί με απόφαση του Οικουμενικού Πατριαρχείου – εν μέσω των αποκαλύψεων για τα σκάνδαλα με τις ανταλλαγές γης – οι διοικητικές και οικονομικές αρμοδιότητες και είχαν ανατεθεί σε άλλο μέλος της Μονής καθώς και στα μέλη της Γεροντείας.
Η Γεροντεία της Μονής με επιστολή της προς τον Οικουμενικό Πατριάρχη, η οποία διαβιβάστηκε από την Ιερά Κοινότητα του Αγίου Όρους, ζήτησε την αποκατάσταση του ηγουμένου Εφραίμ με την απόδοση των διοικητικών και οικονομικών αρμοδιοτήτων του, αφού όπως σημείωνε «παρά τις έρευνες δεν έχει προκύψει ζήτημα εναντίον του».
Κατόπιν αυτού, σύμφωνα με πληροφορίες, η Ιερά Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου, αποφάσισε με συντριπτική πλειοψηφία να αποκαταστήσει τον κ. Εφραίμ.