Oι τεράστιες καταστροφές, ήδη από την αρχαιότητα λόγω μεγάλων σεισμών και εχθρικών επελάσεων, στα μεσαιωνικά χρόνια εξαιτίας της λιθολόγησης του μαρμάρου, της αφαίρεσης του σιδήρου από τα μνημεία και της χρήσης του χαλκού των αγαλμάτων, και στα νεότερα λόγω των βίαιων «ανασκαφών» και φυσικά των καιρικών συνθηκών, έχουν αφήσει το Ιερό των Μεγάλων Θεών της Σαμοθράκης βαθιά τραυματισμένο. Ετσι σήμερα ακόμη και τα πόδια των επισκεπτών που περιηγούνται ανεξέλεγκτα τον χώρο προκαλούν καταστροφές.
Ο,τι έχει απομείνει από το σπουδαίο και άκρως αινιγματικό ιερό της αρχαιότητας καταρρέει. Για να σωθεί, απαιτούνται επείγουσες επεμβάσεις, τις οποίες πάντως το υπουργείο Πολιτισμού προτίθεται να πραγματοποιήσει. Συντηρητές, αρχαιολόγοι, αρχιτέκτονες-αναστηλωτές, τοπογράφοι, μηχανικοί και γεωλόγοι συνεργάσθηκαν από το 2006 ως το 2009 για την κατάρτιση προγράμματος αντιμετώπισης της κατάστασης, με το οποίο συμφώνησε και το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο. Εξι χρόνια θα απαιτηθούν για την ολοκλήρωση του προγράμματος, εφόσον ενταχθεί στο ΕΣΠΑπροϋπολογισμός πάντως δεν αναφέρεται-, ενώ οι εργασίες θα αρχίσουν από το ανατολικό τμήμα του Ιερού, λόγω μεγαλύτερης επικινδυνότητας. Ως και ασβεστοκάμινος είχε κατασκευαστεί στην είσοδο του Ιερού για να μετατρέπει επί τόπου το μάρμαρο σε ασβέστη. Οσο για το περίφημο άγαλμα της Νίκης της Σαμοθράκης, έχει απομείνει μόνο η βάση του ύστερα από τη μεταφορά του στο Λούβρο από τον γάλλο πρόξενο Σαμπουαζό, ο οποίος το 1863 είχε ενεργήσει τις πρώτες ανασκαφές στο νησί.
Αφιερωμένο στη λατρεία και στην τέλεση των Μυστηρίων των Μεγάλων Θεών, οι οποίοι σε αρκετούς αρχαίους συγγραφείς αναφέρονται ως Κάβειροι- αν και ο όρος δεν έχει βρεθεί σε καμία επιγραφή της Σαμοθράκης- ήταν το Ιερό, το οποίο εκτείνεται σε 50 στρέμματα. Τα ερείπια που διασώζονται είναι του 4ου-3ου αιώνα π.Χ., αλλά η θρησκευτική δραστηριότητα στον χώρο είχε αρχίσει από τον 7ο αιώνα π.Χ. Οι Κάβειροι πάντως δεν ανήκαν στο ελληνικό Πάνθεο και η ταύτισή τους με τους Μεγάλους Θεούς δεν είναι βέβαιη.
