Τέσσερις ποταμοί (Κηφισός, Ασωπός, Καλαμάς και Πηνειός), μία λίμνη (Κορώνεια) και οκτώ παράκτιες περιοχές (Κόλπος της Ελευσίνας, Θερμαϊκός, Παγασητικός, Αμβρακικός, Αργολικός, Πάτρα, Ηράκλειο και λιμνοθάλασσα Μεσολογγίου) καταστρέφονται από τη ρύπανση. Και στα υπόγεια ύδατα όμως η κατάσταση δεν είναι καλύτερη. Από τα 236 κύρια συστήματα υπόγειων υδάτων της χώρας, οι 110 υδροφόροι ορίζοντες δεν θα καταφέρουν να εξασφαλίσουν καλή ποιότητα υδάτων ούτε και επαρκή ποσότητα νερού ως το 2015.
Η ρύπανση είναι μεγαλύτερη σε νερά της Βόρειας Ελλάδας. Ανάλογα προβλήματα αντιμετωπίζουν περιοχές και στην υπόλοιπη χώρα. Ανεπεξέργαστα λύματα ελλείψει μονάδων επεξεργασίας καταλήγουν σε υδάτινους αποδέκτες. Σύμφωνα με την έκθεση του Οργανισμού Οικονομικής Συνεργασίας και Ανάπτυξης (ΟΟΣΑ) για τις περιβαλλοντικές επιδόσεις της Ελλάδας- παρουσιάστηκε χθες από τον γενικό γραμματέα του ΟΟΣΑ κ. Ανχελ Γκουρία και την υπουργό Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής κυρία Τίνα Μπιρμπίλη -, στους οικισμούς μεταξύ 2.000
και 15.000 κατοίκων μόλις το 28% των μονάδων επεξεργασίας αστικών λυμάτων έχει υλοποιηθεί. Ετσι, συχνά λύματα καταλήγουν σε παρακείμενα ρέματα, ποτάμια, ακτές.
Σε αρκετές περιπτώσεις οι διάφορες πηγές πόσιμου νερού έχουν εκτεθεί σε κίνδυνο για ποικίλους λόγους – υψηλή συγκέντρωση νιτρικών εξαιτίας της κατάχρησης αζωτούχων λιπασμάτων, ρύπανση από βιομηχανικές δραστηριότητες, αστικά λύματα κτλ. Με βάση τα διαθέσιμα ποιοτικά χαρακτηριστικά της Κεντρικής Υπηρεσίας Υδάτων, τα νερά των ποταμών και των λιμνών πληρούν τις προϋποθέσεις για παραγωγή πόσιμου νερού έπειτα από κατάλληλη επεξεργασία. Εξαίρεση αποτελούν οι λίμνες Λαγκαδά, Βιστωνίδα, Χειμαδίτιδα, το ρέμα Σουλού και οι ποταμοί Ασωπός, Πηνειός Ηλείας, Λουδίας και τμήμα του ποταμού Αλφειού. Προβληματική, αν και όχι ακατάλληλη, είναι η ποιότητα των νερών των ποταμών Πηνειού (Θεσσαλίας), Αξιού, Τιταρήσιου (παραπόταμος Πηνειού), Κόσυνθου (Νομός Ξάνθης), Εβρου και Νέστου.
Μεγάλα προβλήματα προκύπτουν και από τις υπεραντλήσεις υδάτων για άρδευση αφού παρατηρείται μεγάλη μείωση της στάθμης των νερών, με διείσδυση θαλάσσιου ύδατος σε ορισμένους παράκτιους υδροφόρους ορίζοντες.
Οι κόλποι κοντά σε πυκνοκατοικημένα κέντρα υφίστανται φαινόμενα ευτροφισμού και σε ορισμένες περιπτώσεις διαθέτουν «νεκρές ζώνες» υδρόβιας ζωής. Τα σοβαρότερα προβλήματα εστιάζονται σε Ελευσίνα, Θερμαϊκό, Παγασητικό, Αμβρακικό και Αργολικό Κόλπο, σε Πάτρα, Ηράκλειο και στη λιμνοθάλασσα Μεσολογγίου. Ρύπανση εντοπίζεται και στα ανοιχτά του Αιγαίου Πελάγους όπου συχνά καταλήγουν ακάθαρτα ύδατα από τα αμπάρια των πλοίων, λύματα, πετρέλαιο κτλ.
