Η ταν Σεπτέμβριος του 1998 όταν με την αλλαγή της σκυτάλης των πρυτανικών αρχών στο Πάντειο Πανεπιστήμιο άνοιξε ο ασκός του Αιόλου για το πανεπιστήμιο της οδού Συγγρού. Η νέα πρυτανική αρχή σύντομα αντελήφθη ότι δεν είχε να πληρώσει ούτε την… ΕΥΔΑΠ, εξαιτίας υπέρογκου «οικονομικού ανοίγματος». Μια τεράστια «μαύρη τρύπα» είχε ρουφήξει την περιουσία του Ιδρύματος που από το 1992 ως το 1998 είχε βουτηχθεί σε ένα πολυδαίδαλο και πολυπρόσωπο κόλπο με πλαστά και εικονικά τιμολόγια και με προμηθευτές «μαϊμού», ώστε ένας να βρεθεί με Φεράρι και άλλοι να επενδύσουν τις βίλες τους με μάρμαρα και τις μπανιέρες τους με τζακούζι. Το ταμείο της Παντείου λεηλατήθηκε σε σημείο που εμφανίζονταν έξοδα για κατανάλωση 1,3 εκατ. μερίδων φαγητού σε ενάμισι έτος (1997-98), όταν δικαίωμα σίτισης είχαν μόλις 177 φοιτητές. Η σκοτεινή υπόθεση πανεπιστημιακής λεηλασίας ξεδιπλώθηκε αργά αλλά αποκαλύφθηκε ηχηρά όταν στα ονόματα των εμπλεκομένων για οικονομικές ατασθαλίες άνω των 7,9 εκατ. ευρώ ήταν διοικητικοί υπάλληλοι αλλά και καθηγητές του Ιδρύματος, από τα ψηλά μάλιστα της πανεπιστημιακής ιεραρχίας.
Οι πρώτοι που «σκάλισαν» τα οικονομικά του Παντείου ήταν το Σεπτέμβριο του 1998 ο πρύτανης κ.Ηλ. Σιδηρόπουλος και ο αντιπρύτανης κ.Ον.Φαρμακίδης, οι οποίοι κάλεσαν για διαχειριστικό έλεγχο του Ιδρύματος τον ορκωτό ελεγκτή κ. Αν. Ρήγα. Παραδόξως πώς, δυο μήνες αργότερα εκδηλώνεται εμπρησμός στα γραφεία της επιτροπής ερευνών του Παντείου. Η υπόθεση μυρίζει πια… Μάλιστα λίγο αργότερα, το Δεκέμβριο, ο αντιπρύτανης δέχεται επίθεση και ξυλοκοπείται άγρια από αγνώστους. Η υπόθεση περιλαμβάνει και βία πλέον…
Το πόρισμα του ελεγκτή ολοκληρώνεται τον Ιανουάριο του νέου χρόνου και καταλήγει στο συμπέρασμα ότι την περίοδο 1992-1997 «το οικονομικοδιαχειριστικό σύστημα, που εφαρμόστηκε στο Πάντειο, δημιουργούσε τις προϋποθέσεις διάπραξης διαχειριστικών ατασθαλιών» οι οποίες οδήγησαν σε ένα οικονομικό άνοιγμα 2 δισ. δρχ. Ο κ.Ηλ.Σιδηρόπουλος χτυπά την πόρτα του εισαγγελέα και καταθέτει μηνυτήρια αναφορά.
Τον Μάιο γίνεται η εισαγγελική «έφοδος» στο εσωτερικό του Ιδρύματος και ο εισαγγελέας κ. Ισ.Ντογιάκος ασκεί ποινική δίωξη κατά παντός υπευθύνου για «υπεξαίρεση σε βάρος του Ελληνικού Δημοσίου», αδίκημα που διώκεται σε βαθμό κακουργήματος, καθώς και για «παράβαση καθήκοντος». Ανθρωπος-κλειδί στην υπόθεση αποδεικνύεται ο τότε προϊστάμενος της γραμματείας του Παντείου κ. Αν.Κουτσοδημητρόπουλος , ο οποίος κατηγορείται ότι αγόρασε Φεράρι με τα χρήματα του Ιδρύματος.
Ενόσω η έρευνα συνεχίζεται, πεθαίνει τον Οκτώβριο 1999 από ανίατη αρρώστια ο Ον. Φαρμακίδης, ενώ το Δεκέμβριο της ίδιας χρονιάς παθαίνει εγκεφαλικό επεισόδιο ο κ. Σιδηρόπουλος που τον εξαναγκάζει σε παραίτηση τον Ιανουάριο του 2000. Οπως αποκαλύπτει αργότερα, ενόσω ήταν πρύτανης και επικεφαλής της έρευνας, δεχόταν απειλές κατά της ζωής του.
Η κατάσταση στο Πάντειο είναι εκρηκτική. Έπειτα από ανώνυμες καταγγελίες, έξι καθηγητές και τέσσερις διοικητικοί υπάλληλοι κατηγορούνται από τον εισαγγελέα για υπεξαίρεση εκατομμυρίων ευρώ από το ταμείο του Ιδρύματος. Τον Ιούνιο του 2002, το πόρισμα τόσο των ορκωτών λογιστών όσο και του ΣΔΟΕ για τα οικονομικά σκάνδαλα κατατίθενται στη Βουλή. Στις ατασθαλίες εμφανίζονται να πρωταγωνιστούν καθηγητές και υπάλληλοι, μεταξύ των οποίων και ο πρώην πρύτανης κ. Αιμ. Μεταξόπουλος.
Διαφαίνεται όργιο κατασπατάλησης του δημόσιου χρήματος για σκοπούς άσχετους προς το πανεπιστήμιο. Σύμφωνα με τα στοιχεία, εισπράχθηκαν επιταγές πολλών εκατομμυρίων χωρίς εντολή πληρωμής, πληρώνονταν υποχρεώσεις τακτικού προϋπολογισμού δημοσίων έργων και από λογαριασμούς τραπεζών που ανήκαν στον «ειδικό λογαριασμό» της επιτροπής έρευνας. Εκπρόσωποι εταιρειών ζητούν χρήματα με τιμολόγια για τα οποία δεν υπάρχει έγκριση, ενώ εταιρεία σίτισης ισχυρίζεται ότι το πανεπιστήμιο της χρωστά 154 εκατ. δρχ. κ.ά.
Οι επιθεωρητές διαπίστωσαν ότι οι επιτήδειοι χρησιμοποιούσαν ιδιαίτερα κόλπα και τεχνικές για τη λεηλασία: Εκδίδονταν συστηματικά επιταγές προτού αποφασίσει το πρυτανικό συμβούλιο, καθώς και επιταγές σε εικονικούς προμηθευτές, πλαστογραφούνταν επιταγές, γίνονταν διπλοπληρωμές, εκδίδονταν χρηματικά εντάλματα εξοφλημένα χωρίς στοιχεία ταυτότητας ή με πλαστά στοιχεία, εξοφλούνταν επιταγές με πλαστά εντάλματα. Ακόμα και η δωρεά του τότε πρωθυπουργού κ. Κ. Σημίτη είχε κάνει φτερά από το Ιδρυμα. Πώς;
Το Πάντειο είχε εκδώσει από τις υπηρεσίες του χρηματικό ένταλμα το 1996 συνολικού ποσού 11.799.796 δρχ. για την πληρωμή αναδρομικών αποδοχών του καθηγητή κ. Κ. Σημίτη της περιόδου 1.1.1981 ως 30.11.1987.
Ομως, ο κ. Σημίτης ένα μήνα πριν είχε δηλώσει στη Σύγκλητο ότι παραιτείται από τις αποδοχές αυτές και είχε ζητήσει να διατεθούν στην οργάνωση της Κεντρικής Βιβλιοθήκης. Ο τότε πρωθυπουργός είχε δωρίσει, για τον ίδιο σκοπό και μέρος των καθαρών αποδοχών του της περιόδου 1993 έως 1997, ύψους 14.195.219 δρχ. Τον Οκτώβριο του 2004, δεκαεπτά καθηγητές και υπάλληλοι κατηγορούνται για υπεξαίρεση, πλαστογραφία, απάτη, ψευδή βεβαίωση, παράβαση καθήκοντος. Ο κ. Αν.Κουτσοδημητρόπουλος , ο τότε διευθυντής του Λογιστηρίου, κατηγορείται για κακουργήματα και πλημμελήματα και κρίνεται προσωρινά κρατούμενος, ενώ οι κκ. Δ. Κώνστας και Αιμ. Μεταξόπουλος, πρυτάνεις της περιόδου, 92-98 αφήνονται ελεύθεροι με εγγύηση 120.000 και 400.000 ευρώ. Το πόρισμα του ΣΔΟΕ κάνει λόγο για «όργιο πλαστών και εικονικών τιμολογίων». Ακόμη, αποκαλύπτεται ότι πανάκριβα είδη υγιεινής αγοράζονται με χρήματα του πανεπιστημίου, αλλά «χρησιμοποιούνται για τον εξοπλισμό βιλών των βορείων προαστίων». Είναι ενδεικτικό ότι στη λίστα προμηθευτών εμφανίζεται εταιρεία ειδών πλαστικής χειρουργικής ως προμηθευτική εταιρεία μαρμάρων!
Οι πρώην πρυτάνεις υπερασπίζονται την αθωότητά τους. Εναν μήνα αργότερα ο απολογισμός των παραπομπών στον ανακριτή είναι συνολικά 29 άτομα. Ο κ. Κουτσοδημητρόπουλος στην απολογία του δηλώνει άγνοια για όσα συνέβησαν. Το Δεκέμβριο του 2004, η 9η ειδική ανακρίτρια προσθέτει νέα στοιχεία στην υπόθεση και προχωρά στη σύνταξη συμπληρωματικών κατηγορητηρίων. Το Φεβρουάριο του 2005 εκδίδονται εντάλματα σύλληψης για τρεις εκ των κατηγορουμένων- υπαλλήλους του Παντείου, τους κκ. Μ. Παπαδοκωστάκη , Χαρ. Μπούτσικο, Βλ. Βεϊκοντή – που δεν κατέβαλλαν χρηματικές εγγυήσεις.
Ο εισαγγελέας Εφετών, τον Σεπτέμβριο του 2005, αφού μελέτησε την ογκώδη δικογραφία, παραπέμπει στο ακροατήριο 18 άτομα βάσει του νόμου περί καταπολέμησης της διαφθοράς με τις κατηγορίες της υπεξαίρεσης, της ψευδούς βεβαίωσης στην υπηρεσία, της ηθικής αυτουργίας και της πλαστογραφίας. Μεταξύ των κατηγορουμένων βρίσκονται οι πρώην πρυτάνεις κκ. Κώνστας και Μεταξόπουλος και οι πρώην αντιπρυτάνεις κκ. Π. Γετίμης και Κ. Παπαθανασόπουλος .