Η Μαρία Βοναπάρτη δεν ήταν όμορφη, αλλά αυτό δεν το αντιλήφθηκε κανείς από εκείνους που γοήτευσε παράφορα στη διάρκεια της πολυκύμαντης ζωής της. Γεννήθηκε στο Σεν Κλου, προάστιο των Παρισίων, στις 2 Ιουλίου του 1882. Ο πατέρας της ήταν ο Ρολάνδος Βοναπάρτης, εγγονός του Λουσιέν Βοναπάρτη, αδελφού του Ναπολέοντα. Ο παππούς της, από την πλευρά της μητέρας της, ήταν ο Φραγκίσκος Μπλαν, ο μεγαλύτερος εργολάβος ακινήτων του Μόντε Κάρλο.
Η μητέρα της, Μαρί Φελίξ Μπλαν, ήταν φυματική από μικρή και φιλάσθενη σε σημείο που η πεθερά της φοβόταν ότι θα πέθαινε πριν αποκτήσει παιδί με τον Ρολάν και έτσι η περιουσία της θα επέστρεφε στην οικογένειά της. Η οικογένεια του Λουσιέν, παρά την ευγενική της καταγωγή, δεν είχε ιδιαίτερη οικονομική επιφάνεια, σε αντίθεση με αυτήν της συζύγου του, που ήταν από τις πλουσιότερες της Γαλλίας.
«Ο μεγάλος θείος μου, ο Ναπολέων, τι φονιάς διαστάσεων υπήρξε» έγραψε αργότερα στην αυτοβιογραφία της. «Μου άρεσαν οι φονιάδες», συνέχιζε, «τους έβρισκα ενδιαφέροντες…».
Λίγο μετά τη γέννηση της Μαρίας, η Μαρί Φελίξ πράγματι υπέκυψε, ταλαιπωρημένη από την εγκυμοσύνη και τον τοκετό. Ο θάνατός της σημάδεψε τα παιδικά και εφηβικά χρόνια της Μαρίας, η οποία ανατράφηκε από τον αξιαγάπητο, αλλά μάλλον απόμακρο και αποροφημένο από το ενδιαφέρον του για τις επιστήμες πατέρα της και την ιδιαίτερα αυταρχική μητέρα του, Ζιστίν.