O Τζον Κένεντι Τζούνιορ είχε μια ιδιαίτερη σχέση με την Ελλάδα, ιδίως έπειτα από το γάμο της μητέρας του με τον Αριστοτέλη Ωνάση, όταν περνούσε μεγάλο μέρος του κάθε καλοκαιριού στο Σκορπιό, αλλά και στο σπίτι της οικογένειας Ωνάση στα νότια προάστια της Αθήνας.
Ο γιος του δολοφονηθέντος Αμερικάνου προέδρου ήταν 8 ετών όταν η Τζάκι Κένεντι παντρεύτηκε τον Έλληνα Κροίσο και του είχε μεγάλη αδυναμία.
Ο Αριστοτέλης Ωνάσης είχε κάνει δώρο ένα αλογάκι πόνι στον «Τζον Τζον» -όπως τον αποκαλούσε τότε ο Τύπος- ενώ όταν ο μικρός ήταν στο Σκορπιό και ήθελε να δει το κουνελάκι που είχε στο διαμέρισμα της μητέρας του στη Νέα Υόρκη το pet κατέφθανε με την αμέσως επόμενη πτήση της Ολυμπιακής Αεροπορίας πετώντας μαζί με τους πιλότους στο πιλοτήριο κατ’ απαίτηση του Ωνάση προκειμένου να το προσέχουν.
Όταν ο Αριστοτέλης Ωνάσης έφυγε από την ζωή ο Τζον Τζούνιορ ήταν 15 ετών. Ήταν ο δεύτερος πατέρας που έχανε...
O Τζον Κένεντι Τζούνιορ είχε αδυναμία στον πατρίο του και τον αποκαλούσε χαρακτηριστικά "filaraco".