Ο δίσκος της Φαιστού, οι θεές των όφεων, η περίφημη ταυροκεφαλή από στεατίτη και ο ταυροκαθάπτης από ελεφαντόδοντο, τα χρυσά κοσμήματα των νεκροπόλεων, οι «μέλισσες» των Μαλίων, οι διπλοί πέλεκεις, τα καμαραϊκά αγγεία και άλλα διάσημα αντικείμενα του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηρακλείου θα υποδέχονται πλέον τους επισκέπτες του, σε ειδικά προβεβλημένες προθήκες στο ανακαινισμένο εκ βάθρων κτίριο, που φιλοδοξεί να γίνει εκ νέου πόλος έλξης για την Κρήτη.
Η χθεσινοβραδινή έγκριση της οριστικής μουσειογραφικής μελέτης για την επανέκθεση του Μουσείου και η ένταξη του στο ΕΣΠΑ συνηγορούν στο γεγονός ότι το έργο θα είναι έτοιμο το 2012, όπως δηλώνει η γενική γραμματέας του ΥΠΠΟ, κυρία Λίνα Μενδώνη. Ηδη όμως είναι πέντε χρόνια κλειστό, αφού χάθηκε πολύτιμος χρόνος λόγω της έλλειψης οργάνωσης και συντονισμού από την προηγούμενη ηγεσία του υπουργείου Πολιτισμού.
Ενα κτίριο με σύγχρονες προδιαγραφές, ικανό να ανταποκριθεί στις απαιτήσεις των καιρών θα είναι το Μουσείο, με βασική προϋπόθεση όμως το σεβασμό στην αρχική φιλοσοφία του, όταν σχεδιάστηκε από τον Πάτροκλο Καραντινό. Στην νέα έκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηρακλείου θα αναδειχθούν 5.865 αντικείμενα, χωρίς να υπολογίζονται τα νομίσματα και δύο ιδιωτικές Συλλογές Γιαμαλάκη και Μεταξά, που είναι περίπου άλλα 800. Εγινε δηλαδή μία μείωση της αρχικής πρότασης κατά 560 αντικείμενα. Ολα αυτά τα εκθέματα παρουσιάζονται με χρονολογική σειρά, ώστε να γίνεται κατανοητή η πορεία της εξέλιξης του πολιτισμού που αναπτύχθηκε στην Κρήτη, ενταγμένα σε δύο θεματικές ενότητες: «Ο Μινωικός και Κρητομυκηναϊκός πολιτισμός. Ο πρώτος ευρωπαϊκός πολιτισμός» και «Οι ιστορικοί χρόνοι στην Κρήτη» (τέλη» 11ου Αι. π. Χ. – 4ος Αι. μ. Χ.
Σύμφωνα με την αρχιτεκτονική πρόταση, την οποία παρουσίασε στο συμβούλιο ο αρχιτέκτονας κ. Πέτρος Πετρακόπουλος η πορεία των επισκετπών θα γίνεται εκατέρωθεν του άξονα του κεντρικού διαδρόμου με τρόπο, που να δίνεται η ευκαιρία σε όσους το επιθυμούν, να παρακάμψουν κάποιες αίθουσες. Βασικό μορφολογικό στοιχείο του «νέου» μουσείου αλλά και σήμανσης για τους επισκέπτες αποτελεί μία ανηρτημένη κατασκευή (εν είδει ψευδοροφής) από πλεξιγκλάς σε κάθετη διάταξη, η οποία θα διατρέχει όλον τον άξονα του κεντρικού διαδρόμου με τέτοιο τρόπο, ώστε να προκύπτει μία κυματοειδής μορφή (Μεγάλη ήταν η συζήτηση που έγινε στο Συμβούλιο Μουσείων για τη συγκεκριμένη επέμβαση που τελικώς εγκρίθηκε).
Μαντική είναι και η οπτική ενοποίηση της αίθουσας τοιχογραφιών, που βρίσκεται στον όροφο του κτιρίου με την εγκατάσταση διάφανων προθηκών σε επαφή με τα κλιμακοστάσια ώστε ο επισκέπτης που ανέρχεται στον όροφο να έχει απρόσκοπτη τη θέασή τους. Οι τοιχογραφίες, οι οποίες παρουσιάζονται στις δύο ενότητες «Ο Κόσμος της Αυλής» και «Ο Κόσμος της Φύσης», θα τοποθετηθούν στην περίμετρο της αίθουσας ενώ στο κέντρο της προβλέπονται καθιστικά για ανάπαυση των επισκεπτών αλλά και για την θέαση των αρχαιοτήτων. Οσο για την έκθεσή τους θα γίνει μέσα κρυστάλλινο πέτασμα – προθήκη, που θα εξασφαλίζει το απαραίτητο μικροκλίμα. Τα ψηφιδωτά εξάλλου θα τοποθετηθούν παράλληλα και σε επαφή με τον τοίχο ώστε να υπάρχει αρκετή απόσταση από τις απέναντι προθήκες και να μπορούν οι επισκέπτες να διέρχονται ανάμεσά τους. Χώροι ανάπαυσης δημιουργούνται και στο μέσο της πορείας επίσκεψης, στην περιοχή αριστερά της εισόδου πριν από το κλιμακοστάσιο ανόδου στον όροφο.
Οι προθήκες θα τοποθετηθούν σε διάταξη Π κατά μήκος των περιμετρικών τοίχων κάθε ενότητας και θα έχουν κλειστή βάση, διαφανή τη μεσαία ζώνη τους και ενιαίο το άνω τμήμα. Εκτός από τις επιτοίχιες, περιμετρικά των αιθουσών, θα υπάρχουν και περίοπτες ενώ ο φέρων οργανισμός τους θα είναι μεταλλικός.
Πρωταρχικό μέλημα στην επιλογή του φωτισμού εξάλλου είναι η ευαισθησία των αντικειμένων, έτσι ειδικές μεμβράνες τοποθετούνται στα παράθυρα για τη μείωση της UV ακτινοβολίας ενώ επιλέχθηκαν λαμπτήρες αλογόνου, λαμπτήρες που αποβάλουν την θερμοκρασία προς τα πίσω ή συστήματα οπτικών ινών. Για δέκα περίπου από τα προβεβλημένα αρχαία αντικείμενα τέλος, αλλά και για κάποιες τοιχογραφίες θα κατασκευαστούν ιδιαίτερες προθήκες με πρόβλεψη ασφαλείας ισχυρού σεισμού ή πυρκαγιάς.